現在のディレクトリとその下にあるすべてのファイルおよびサブディレクトリを、作業ディレクトリには残したまま、全てのファイルをGit のインデックス(ステージング)から削除する方法です。
コマンドを使います。
git rm
コマンドはリポジトリからファイルを削除するコマンドです。
再帰的に実行します。.
をコマンドの最後に指定しているので、作業ディレクトリ内の全てのディレクトリとファイルが対象となります。
ファイルを実際の作業ディレクトリから削除せずに、インデックス(ステージング)から削除します。